马铃薯对晚疫病的抗性地上部分植株和地下部分的块茎是不同的，即地上部分抗性较好的品种其块茎抗性未必好。长期以来对马铃薯抗性的研究主要在于地上部分，而马铃薯是以地下块茎为收获产品的作物，块茎对晚疫病的抗性决定了其在储藏、销售过程的损失程度。

马铃薯对毒素的抵抗能力因品种抗性不同而不同，具有高抗晚疫病的地上部分植株或块茎对毒素的抵抗能力高于水平抗性品种和感病品种。

马铃薯对晚疫病菌的抗病性有两种类型。一种是寡基因遗传的小种专化性抗病性，其表现形式为过敏性坏死反应，由来自S.demissum的R-基因所控制，这种抗病性容易利用，但不持久。因为它只能抗非匹配的小种，这种抗病性较易因病原菌突变或有性重组而被克服。另一种类型是非小种专化性的，多基因遗传的部分抗病性或田间抗病性，是持久的，它与某些环境组分如日长度、温度、光强度等互作。在某一环境下表现具有足够抗性水平的品种在另一环境下变得感病。